مخطوطات الكتاب يعتبر كتاب « النكت والعيون في تفسير القرآن الكريم » من أهم التفاسير للقرآن الكريم ولا غرو أن يعتمده من جاء بعده من العلماء ونقلوا منه كالإمام ابن الجوزي في « زاد المسير » ، والإمام القرطبي في « الجامع لأحكام القرآن » . لذلك توجد نسخ كثيرة منه مخطوطة ، بيد أنها متناثرة في شتى مكتبات العالم تقريبا . ولا توجد له نسخة كاملة قط باستثناء نسخة مكتبة كوبريلي باستنانبول على ما فيها من مؤاخذات . ومن مجموع نسخ خطية في مكتبات العالم تم نشر هذا الكتاب النافع - إن شاء اللّه ، وفي الصفحات التالية صور لبعض صفحات منها .